Nhằm đảm bảo an toàn thực phẩm trong quá trình chế biến, công cụ chẩn đoán (FSMS-DI: Food Safety Management Systems-Diagnostic Instrument) đã được phát triển để đánh giá toàn bộ hệ thống quản lý an toàn thực phẩm. Nghiên cứu này nhằm đánh giá hiệu quả của hệ thống quản lý chất lượng bằng công cụ “chuẩn đoán” tại nhà máy thuỷ sản xuất khẩu cá Tra phi lê đông lạnh. Kết quả cho thấy, nhà máy có mức nguy cơ trung bình (mức 2), trong khi hệ thống quản lý an toàn thực phẩm FSMS đang vận hành rất phù hợp với thực tế nhà máy, các hoạt động kiểm soát và đảm bảo an toàn, chất lượng thực phẩm của nhà máy được triển khai và cân đối tốt so với thực trạng. Hơn nữa, mức độ thực hiện các hoạt động quản lý chất lượng thực phẩm đang vận hành đạt mức cao hơn cần thiết (mức 2-3). Điều này, có thể kết luận rằng hệ thống quản lý chất lượng của nhà máy đang hoạt động tốt, có hiệu quả cao và có thể đảm bảo an toàn vệ sinh thực phẩm của sản phẩm cuối. Để đạt hiệu quả hơn trong việc đánh giá hệ thống quản lý chất lượng, bên cạnh phương pháp “chuẩn đoán” thì việc đánh giá định lượng trên thực tế thông qua phương pháp lấy mẫu và phân tích vi sinh vật (MAS-Microbial Assesment Scheme) được khuyến nghị áp dụng.