Trong quá trình chế biến cá Tra (Pangasius hypophthalmus) phi lê đông lạnh, hệ vi sinh vật bị ảnh hưởng bởi nguyên liệu và điều kiện chế biến, do đó có ảnh hưởng đến chất lượng sản phẩm. Trong đó, phi lê và chỉnh hình được xem là hai công đoạn có nguy cơ cao. Nghiên cứu này nhằm so sánh chất lượng vi sinh vật tại công đoạn phi lê và chỉnh hình ở 04 nhà máy chế biến cá Tra (VL, DT, AG và CT) thuộc khu vực Đồng bằng sông Cửu Long. Mẫu cá và môi trường chế biến như tay (găng tay) công nhân và bề mặt tiếp xúc được đánh giá chất lượng vi sinh vật tổng số (TMC) và định tính sự hiện diện của các vi sinh vật gây bệnh như: Listeria monocytogenes, Vibrio cholerae và Salmonella spp. Kết quả cho thấy, mật số TMC trên cá chỉnh hình và phi lê ở 04 nhà máy VL, DT, AG và CT lần lượt là 7,1 ± 0,4 và 6,3 ± 0,8; 7,5 ± 0,7 và 6,9 ± 0,8; 6,7 ± 1,1 và 4,9 ± 0,9; 6,0 ± 0,4 và 5,5 ± 0,6 log CFU/g. Listeria monocytogenes, Vibrio cholerae và Salmonella spp. hiện diện rải rác trên các mẫu cá, tay (găng tay) và dụng cụ chế biến. Vì vậy, nhà máy cần có phương pháp bảo quản cá bán thành phẩm tốt, thực hành sản xuất tốt nhất và triển khai hiệu quả hệ thống quản lý an toàn thực phẩm nhằm giảm thiểu nguy cơ nhiễm chéo để đảm bảo chất lượng và an toàn của sản phẩm.