Trong những năm gần đây, diễn biến xâm nhập mặn vào mùa khô ở ĐBSCL nói chung và Bến Tre nói riêng rất phức tạp, bất thường, lúc sớm, lúc muộn so với cùng kỳ nhiều năm. Đặc biệt, vào mùa khô năm 2016, do ảnh hưởng hiện tượng Elnino làm cho nước mặn xâm nhập sâu cả trên sông và nội đồng. Mùa mưa năm 2019 trên lưu vực sông Mekong xuất hiện muộn, thời gian mùa mưa ngắn, tổng lượng dòng chảy năm ước tính chỉ ở mức trung bình-thấp. Lưu lượng nước chảy về ĐBSCL từ đầu mùa khô đến nay giảm nhanh, đang xuống ở mức rất thấp so với trung bình nhiều năm từ 1980 đến nay. Thêm vào đó, ảnh hưởng của các đợt gió mùa Đông Bắc hoạt động mạnh, kết hợp với các kỳ triều cường nên độ mặn tăng và xâm nhập sâu vào các sông. Do vậy hạn mặn được dự báo sẽ là hết sức gay gắt và ảnh hưởng nghiêm trọng, tương đương mùa khô năm 2015-2016.