Ra quyết định thanh tra và kết luận thanh tra là hai hoạt động then chốt trong quy trình tiến hành thanh tra. Việc xác định người nào có thẩm quyền ra các quyết định này giữ vai trò quan trọng. Tuy nhiên, về khoa học pháp lý, quản lý cũng như thực tiễn áp dụng còn nhiều vấn đề chưa thống nhất khi hiểu các quy định về thẩm quyền này. Những tranh luận có thể kể đến như: Phó Thủ trưởng cơ quan có được ra quyết định thanh tra và kết luận thanh tra hay không? Người ra quyết định thanh tra và kết luận thanh tra giữ cùng chức danh nhưng không cùng một người có đúng quy định? Hoặc Thủ trưởng là người ra quyết định thanh tra thì Phó Thủ trưởng được kết luận thanh tra? Thẩm quyền ra quyết định, kết luận thanh tra hành chính và thẩm quyền ra quyết định, kết luận thanh tra chuyên ngành còn chưa rõ ràng.