Mục tiêu của nghiên cứu là phân tích sự ảnh hưởng của cơ cấu tổ chức quản trị (CCTCQT) đến hiệu quả kinh doanh của các doanh nghiệp chế biến thủy sản tại tỉnh Cà Mau dựa trên dữ liệu bảng (panel data) được thu thập từ báo cáo tài chính của 34 doanh nghiệp chế biến thủy sản vào các năm 2010, 2012 và 2014 với 102 quan sát. Kết quả phân tích bằng mô hình tác động cố định (FEM) cho thấy, các doanh nghiệp tổ chức theo mô hình CCTQQT trực tuyến và kết hợp trực tuyến – chức năng có kết quả kinh doanh tốt hơn các doanh nghiệp theo mô hình CCTCQT chức năng và ma trận. Bên cạnh đó, quy mô và cấu trúc vốn đều có quan hệ trái chiều với hiệu quả kinh doanh, điều này cho thấy các doanh nghiệp có quy mô nhỏ hơn và sử dụng ít nợ hơn có hiệu quả tốt hơn các doanh nghiệp có quy mô lớn hơn và sử dụng nợ nhiều hơn.