Trung tâm Giáo dục quốc phòng và an ninh (GDQPAN) Trường Đại học Cần Thơ tiền thân là Bộ môn Quân sự được thành lập theo Quyết dịnh số 1091/QĐ-BGD&ĐT-TCCB ngày 12 tháng 03 năm 2003 của Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo. Được sự lãnh đạo, chỉ đạo sâu sát, kịp thời của Đảng ủy, Ban giám hiệu Trường Đại học Cần Thơ và Thủ trưởng Bộ tư lệnh Quân khu 9 mà trực tiếp là Đảng ủy Cục Chính trị Trung tâm GDQPAN luôn hoàn thành tốt nhiệm vụ, khắc phục mọi khó khăn, từng bước trưởng thành và phát triển khẳng định vị thế, vai trò là Trung tâm GDQPAN hàng đầu của khu vực Đồng bằng sông Cửu Long.