Sông Cần Thơ có ý nghĩa rất quan trọng trong việc cung cấp nguồn nước cho thành phố Cần Thơ. Việc nghiên cứu, đánh giá chất lượng nước sông Cần Thơ qua các giai đoạn là rất cần thiết. Nghiên cứu đã thu thập số liệu, thu mẫu quan trắc nước mặt từ năm 2010-2019 trên sông Cần Thơ. Chất lượng nước được xác định thông qua các nhóm thông số vật lý, sinh học và hóa học được quan tâm bao gồm:  pH, TSS, DO, BOD, COD, NH3, NO3- Coliform. Kết quả nghiên cứu cho thấy chất lượng nước trên sông Cần Thơ đã bị ô nhiễm, hầu hết các chỉ tiêu nghiên cứu đều vượt giới hạn cho phép. Tuy nhiên, quá trình ô nhiễm đã được cải thiện trong những năm cuối của quá trình nghiên cứu. Bên cạnh đó, nghiên cứu còn sử dụng chỉ số WQI đánh giá chất lượng nước. Kết quả tính toán chỉ số WQI cho thấy giá trị trung bình WQI ở sông Cần Thơ chảy qua các quận Ninh Kiều, Cái Răng và huyện Phong Điền tăng dần qua các năm, từ đó cho thấy chất lượng nước ở khu vực nghiên cứu có chiều hướng cải thiện dần từ 2010 đến năm 2019.