Sử dụng vi khuẩn là một trong những biện pháp triển vọng giúp canh tác mía đường bền vững thông qua việc giảm thiểu lượng phân bón hóa học. Mục tiêu của nghiên cứu là chọn được những dòng vi khuẩn cố định đạm và tổng hợp IAA nội sinh rễ cây mía đường. Sáu mẫu rễ mía trồng trên đất phèn được thu thập tại huyện Phụng Hiệp, tỉnh Hậu Giang. Kết quả phân lập được 28 dòng vi khuẩn nội sinh rễ cây mía đường trên môi trường NFB, với 24 dòng vi khuẩn có khả năng sống được trong điều kiện chua. Trong đó, năm dòng vi khuẩn cố định đạm tốt nhất là KC1c, PB3b, KC1f, KC2d, KC1b1, với hàm lượng 12,1 – 18,5 mg/L và ba dòng vi khuẩn tổng hợp IAA tốt nhất là HA1e, PB2e và KC1d, với hàm lượng 12,1 - 29,4 mg/L. Cần sử dụng hỗn hợp các dòng vi khuẩn đã tuyển chọn nhằm hỗ trợ sinh trưởng cây mía, mặc dù các dòng vi khuẩn trên đều sở hữu hai chức năng.