Nghiên cứu thành phần động vật đáy trên Sông Hậu được tiến hành gồm 2 đợt trong mùa mưa (tháng 6/2013 và tháng 9/2013) và 2 đợt trong mùa khô (tháng 12/2013 và 3/2014) tại 14 điểm thu mẫu thuộc khu vực đầu nguồn, giữa nguồn và cuối nguồn của sông Hậu. Kết quả đã tìm thấy tổng cộng 82 loài động vật đáy thuộc 6 lớp, trong đó Gastropoda có thành phần loài phong phú nhất với 34 loài (41%), kế đến là Bivalvia (23 loài, 28%), các lớp còn lại biến động từ 1-9 loài (1-11%). Thành phần loài động vật đáy trung bình dao động từ 7±4 loài đến 23±4 loài, trong đó vùng đầu nguồn có thành phần loài phong phú hơn vùng giữa nguồn và cuối nguồn. Thành phần loài và mật độ động vật đáy vào mùa khô cao hơn mùa mưa. Ở vùng đầu nguồn, thành phần loài động vật đáy khác biệt (p0,05) qua các giai đoạn khảo sát ở vùng giữa nguồn và cuối nguồn. Mật độ động vật đáy trung bình có xu hướng giảm dần từ vùng đầu nguồn, giữa nguồn đến cuối nguồn với số lượng 1.312±905 ct/m², 629±668 ct/m² và 327±372 ct/m² nhưng không khác biệt (p>0,05) giữa các khu vực khảo sát. Nhìn chung, có sự tương đồng về sự phân bố của động vật đáy ở khu vực giữa nguồn và cuối nguồn, trong khi sự phân bố của chúng ở khu vực đầu nguồn không tương đồng với hai khu vực còn lại.