Nghiên cứu được thực hiện nhằm xác định tính đa dạng thành phần loài động vật đáy ở khu vực nuôi tôm vào mùa mưa tỉnh Cà Mau để tìm hiểu sự thay đổi về thành phần loài, mật độ của chúng tại khu vực này và làm cơ sở cho việc xây dựng quan trắc sinh học về môi trường nước ở khu vực nuôi tôm nước lợ. Thu mẫu động vật đáy tại 9 điểm vào mùa mưa ở tháng 6 và tháng 9/2019. Kết quả ghi nhận 34 loài, 31 giống, 24 họ, 16 bộ, 5 lớp thuộc 3 ngành. Số loài theo từng đợt thu dao động từ 2-11 loài tương ứng với mật độ từ 9-2.547 cá thể/m2 . Tổng số loài động vật đáy vào tháng 6 là 23 loài thấp hơn so với tháng 9 với 25 loài; tổng số lượng cá thể vào thời điểm tháng 6 cao hơn gấp 2,5 lần so với tháng 9. Thành phần loài và mật độ lớp Gastropoda chiếm cao nhất. Ở mức độ tương đồng 18,9% cho thấy sự phân bố động vật đáy tại 9 vị trí thu mẫu chia thành ba nhóm tại khu vực nghiên cứu. Chỉ số đa dạng Shannon (H’) dao động từ 0,3-1,8 cho thấy mức độ đa dạng động vật đáy theo vị trí và thời gian thu mẫu đạt mức rất thấp đến vừa ở khu vực nuôi tôm vào mùa mưa, tỉnh Cà Mau.