Quyết định thanh tra là căn cứ pháp lý quan trọng để tiến hành hoạt động thanh tra. Tuy nhiên, các quy định hiện nay còn chưa đầy đủ. Tổng thanh tra Chính phủ, Chánh Thanh tra tỉnh không có thẩm quyền ban hành quyết định thanh tra chuyên ngành. Việc giao quyền, ủy quyền ban hành quyết định thanh tra còn một số vướng mắc do chưa được pháp luật thanh tra quy định. Ngoài ra, pháp luật thanh tra cũng chưa phân định rõ trường hợp ban hành quyết định thanh tra chuyên ngành và trường hợp ban hành văn bản phân công thanh tra độc lập.