Các quy định điều chỉnh đối với hoạt động thanh tra lại hiện nay đang tồn tại một số điểm bất cập trên cả phương diện lý luận, thẩm quyền và thời hiệu tiến hành, đã làm ảnh hưởng đáng kể đến kết quả thanh tra. Về lý luận, không xác định được thanh tra lại thuộc loại hình nào của thanh tra nhà nước. Về thẩm quyền, việc thanh tra lại chưa bao phủ đối với tất cả các kết quả thanh tra. Bên cạnh đó, pháp luật thanh tra chưa có quy định đầy đủ cho quy trình tiến hành một cuộc thanh tra lại. Do đó, cần phải nghiên cứu, hoàn thiện các quy định của pháp luật thanh tra, đặc biệt là Luật thanh tra về những vấn đề này.