Nghiên cứu này nhằm tìm ra những microsatellite giúp phân biệt cá trê lai (trê vàng Clarias macrocephalus x trê phi C. gariepinus) với hai loài bố mẹ. Các cặp mồi microsatellite được sàng lọc, chuẩn hóa từ các kết quả nghiên cứu trước. Sáu cặp mồi microsatellite được chọn để phân tích trên mẫu cá trê vàng (n = 37), trê phi (n = 29) và trê lai (n = 30). Kết quả cho thấy có 4 trong 6 locut được khuếch đại có số lượng alen và kích thước alen khác nhau giữa hai loài cá trê vàng và trê phi, 2 locut còn lại có 1 một alen chung, trùng lắp ở phần đầu của khoảng dao động kích thước alen và với tần số rất khác nhau. Cá trê lai mang kiểu gen trung gian giữa hai loài bố mẹ. Sự khác biệt di truyền giữa cá trê vàng và trê phi lớn, thể hiện qua hai thông số Fst = 0,59 và Rst = 0,95. Như vậy, 6 microsatellite này đã được ứng dụng thành công để phân biệt cá trê lai với hai loài bố mẹ với độ chính xác cao.