Nghiên cứu được thực hiện với mục đích phân lập và nhận diện các dòng nấm mốc hiện diện trên bề mặt hai loại bưởi thường trồng ở Đồng bằng sông Cửu Long là bưởi Da xanh và bưởi Năm Roi. Kết quả cho thấy cả hai loại bưởi đều có tần suất phân lập nấm cao, với 8 dòng nấm được tìm thấy đối với mỗi giống bưởi. Các dòng nấm phân lập được xác định đặc tính hình thái và định danh theo phương pháp sinh học phân tử, sử dụng cặp mồi ITS1 và ITS4. Từ vỏ bưởi Da Xanh, các dòng nấm phân lập được là Aspergillus brunneoviolaceus, A. aculeatus, A. carbonarius, Trichoderma asperellum và Neurospora intermedia. Tương tự, việc xác định bằng giải trình tự gen trên đoạn ITS cho thấy 8 dòng phân lập được chọn lọc từ bưởi Năm Roi có mức độ đồng hình 98 ÷ 100% với A. niger, A. assiutensis, A. aculeatus, N. intermedia, Schizophyllum commune và Penicillium sp.  Việc nhận diện các dòng nấm có trên vỏ bưởi là bước đầu tiên để đề xuất điều kiện tiền xử lý và bảo quản sau thu hoạch phù hợp, giúp kéo dài thời gian bảo quản bưởi tươi.