Nghiên cứu được tiến hành nhằm xác định sự lưu hành và biến đổi di truyền của virus cúm gia cầm type A H5N6 tại 3 tỉnh Trà Vinh, Đồng Tháp và Kiên Giang. Mẫu được thu thập từ 432 mẫu swab hầu họng gà, vịt bán tại các chợ, điểm buôn bán, thu gom gia cầm tại 12 chợ thuộc 12 huyện của 3 tỉnh khảo sát gồm 36 mẫu/huyện. Bằng phương pháp Realtime RT-PCR, những mẫu dương tính với virus cúm type A được kiểm tra subtype H5 và N6. Các mẫu sau khi được xác định có kết quả dương tính với virus cúm gia cầm type A H5N6 sẽ được chọn để giải trình tự gene H5 và xây dựng cây phả hệ của các chủng virus cúm A H5N6 được so sánh với các chủng tham chiếu trên Genbank. Kết quả cho thấy, có sự lưu hành của virus cúm gia cầm type A H5N6 trong quần thể gà, vịt tại  tỉnh Trà Vinh và Kiên Giang với tỷ lệ thấp là 1,39%. Tỷ lệ lưu hành của virus cúm gia cầm type A H5N6 trên gà (1,54%) và trên vịt (1,16%) là như nhau. Kết quả phân tích sự biến đổi nucleotide trên gà và vịt tại tỉnh Trà Vinh cho thấy sự tương đồng nucleotide giữa các chủng virus đang lưu hành tại tỉnh Trà Vinh là 95,32% và sự sai khác acid amin so với các chủng virus khác ở Việt Nam và các chủng trên thế giới là 1.9- 12,2%. Các chủng virus cúm type A H5N6 phân lập tại tỉnh Trà Vinh thuộc clade 2.3.4.4c và nằm trong nhánh phát sinh cùng với các chủng virus phân lập được trên vịt và vịt xiêm tại Việt nam năm 2017-2019 và chủng virus phân lập trên ngỗng tại Trung Quốc năm 2016.