Nghiên cứu đã được thực hiện nhằm xác định thành phần loài động vật không xương sống đáy và dư lượng thuốc bảo vệ thực vật thuộc nhóm trừ côn trùng trên kênh nội đồng và sông (rạch) chính. Kết quả cho thấy thành phần loài động vật không xương sống đáy trên sông chính có 28 loài và kênh nội đồng là 21 loài. Số loài động vật không xương sống đáy thuộc lớp Oligochaeta, ngành Mollusca và họ Chironomidae được tìm thấy trên kênh nội đồng là nơi có trung bình hàm lượng thuốc BVTV là 57,47 ±24,25 µg/Kg; các họ Ephemerellidae, Rhyacophilidae, Chaoboridae, Culicidae, Ceratopogonidae, Coenagrionidae và Corduliidae được phân bố trên sông chính là nơi có hàm lượng thuốc BVTV là 29,33 ±10,70 µg/Kg. Trong phạm vi nghiên cứu của đề tài, dư lượng thuốc BVTV trong bùn đáy đã làm suy giảm thành phần và số lượng lớp côn trùng. Hàm lượng chất hữu cơ, thành phần cơ giới, pH và EC không khác biệt giữa sông chính và kênh nội đồng. Nghiên cứu sự phân bố động vật không xương sống đáy trên các loại hình thủy vực bị ảnh hưởng bởi dư lượng thuốc BVTV cần  được triển khai ở các vùng sản xuất lúa ĐBSCL.