Các yếu tố nhiệt độ, DO, NH₃ mùa khô cao hơn mùa mưa, biến động khá đồng đều giữa các khu vực của phá Tam Giang và thích hợp cho hoạt động nuôi trồng thủy sản (NTTS) theo QCVN 02-19: 2014/BNNPTNT. Giá trị pH mùa mưa thấp hơn mùa khô. Khu vực phía Bắc phá có pH thấp (pH < 7) và không phù hợp cho NTTS với phần diện tích chiếm 1/10 ÷ 1/5 toàn phá. Độ mặn mùa khô cao hơn mùa mưa. Khu vực phía Bắc phá (quanh các điểm TG1÷TG6) có độ mặn thấp dưới 5ppt chỉ phù hợp lấy nước nuôi thủy sản nước ngọt hoặc nuôi cá lồng nước ngọt trên phá. Độ kiềm mùa khô cao hơn mùa mưa. Phía Bắc phá, quanh các điểm TG1÷TG12 có độ kiềm thấp hơn 60mg/l với diện tích xấp xỉ 55% ở cả 2 mùa, không thích hợp cho hoạt động NTTS lợ mặn, chỉ phù hợp phát triển nuôi thủy sản nước ngọt. Chỉ số chất lượng nước VN-WQI mùa khô cao hơn mùa mưa và thích hợp cho việc lấy nước NTTS ven phá. Chỉ số chất lượng nước mùa khô chủ yếu đạt loại I (rất tốt) và II (tốt) (trừ điểm TG1 đạt loại III, loại trung bình). Trái lại, mùa mưa chất lượng nước đạt cả 3 loại trung bình (TG1÷TG6), tốt và rất tốt.