Bệnh viêm phế quản truyền nhiễm (VPQTN) là bệnh phổ biến trên gà, gây thiệt hại kinh tế đáng kể cho người chăn nuôi. Bệnh thường ở thể tiềm ẩn nên rất khó phát hiện; việc thiết kế cặp mồi có thể chẩn đoán và định chủng vi-rút gây bệnh VPQTN trên gà là rất cần thiết và hữu ích. Qua thiết kế cặp mồi từ gene S1 bằng Primer BLAST (NCBI), cặp mồi 5’-CACAGGA(T/C)TGTGC(A/G)TGGTGG-3’ (mồi xuôi), 5’-AC(A/C)TCTTGTGC(T/G/A)GTACCATT-3’ (mồi ngược) được thiết kế để xác định sự lưu hành của các chủng vi-rút VPQTN ở một số tỉnh đồng bằng sông Cửu Long (ĐBSCL). Kết quả giám sát bước đầu cho thấy cặp mồi thiết kế phát hiện vi-rút VPQTN lưu hành ở gà nuôi tại ĐBSCL. Kết quả giải trình tự gene S1 cho biết VPQTN lưu hành thuộc các nhóm Massachusetts, QXlike, 793/B và biến chủng ở Việt Nam. Qua phân tích cây phả hệ và so sánh độ tương đồng trình tự các chủng phân lập được với nhau và với các chủng tham chiếu cho thấy các chủng phát hiện ở ĐBSCL có độ tương đồng thấp với nhau (70 – 77%). Trong khi đó, chủng VPQTN-Mass được nhóm chung với các chủng VPQTN nhóm Massachusetts; tương đồng 99,73% với chủng Mass 41 (AY851295). Chủng VPQTN-793/B thuộc nhóm 793/B với độ tương đồng 98,11% so với chủng 4/91 (KF377577) và chủng VPQTN-QX-Like thuộc nhóm QX-Like với độ tương đồng 90,87% so với chủng Sczy3 (JF732903). Đặc biệt kết quả nghiên cứu đã phát hiện biến chủng VPQTN-VN, kết quả phân tích phả hệ di truyền và so sánh độ tương đồng cho thấy VPQTN-VN có độ tương đồng thấp so với các chủng phát hiện được ở ĐBSCL và các chủng tham chiếu (70 – 74%).