Mô hình liên kết trong nuôi cá tra thương phẩm có vai trò quan trọng và có ý nghĩa quan trọng đối với sự  phát triển bền vững của ngành hàng. Thực tế trong sản xuất cho thấy có bốn loại hình liên kết trong sản xuất phổ biến hiện nay gồm: liên kết ngang (hợp tác xã), liên kết dọc khép kín (vùng nuôi công ty), liên kết dọc nuôi gia công và hình thức nuôi riêng lẻ. Kết quả chỉ ra rằng hình thức liên kết dọc giữa công ty chế biến xuất khẩu với người nuôi cá tra có hiệu quả tài chính cao nhất. Qua đó cũng cho thấy vấn đề cần quan tâm hiện nay là mô hình liên kết gắn với nhu cầu của thị trường tiêu thụ đặc biệt là các thị trường tiêu thụ cá yêu cầu cao về tiêu chuẩn chứng nhận cũng như áp dụng truy Xuất nguồn gốc khắc khe như Mỹ và Châu Âu. Từ đó nhà máy chế biến xuất khẩu phân khúc thị trường và tổ chức sản xuất chuyên theo từng loại tiêu chuẩn chứng nhận mà thị trường yêu nhập khẩu cầu từ đó dễ dàng áp dụng truy Xuất nguồn gốc. Kết quả cũng chỉ ra rằng cần có chính sách tài chính đủ mạnh để nhà máy chế biến thực hiện vai trò là hạt nhân trong tổ chức liên kết sản xuất gắn với thị trường tiêu thụ là cần thiết.