Nghiên cứu khảo sát bộ sưu tập sáu mươi ba (63) giống ca cao Việt Nam (Theobroma cacao L.) đang trồng tại các địa phương khác nhau Đak Lak, Đồng Nai, Bến Tre và Cần Thơ. Đa dạng di truyền bộ sưu tập được khảo sát bằng ghi nhận các đặc tính hình thái thực vật và lập giản đồ phả hệ bằng cặp mồi ITS1-4. Khảo sát đặc tính hình thái thực vật dựa vào các đặc tính hình thái và màu sắc của cơ quan sinh dưỡng (lá) và cơ quan sinh sản (hoa, trái). Kết quả ghi nhận được 05 hình dạng lá đài khác nhau của bộ sưu tập (oval, broad, deltoid, elliptic và sub-lanceolate); 63 giống ca cao Việt Nam biểu hiện 03 dạng trái khác nhau Angoleta, Amelonado và Cundeamor, màu trái và lá non biểu hiện 02 màu nâu đỏ và vàng xanh; trái chín thể hiện hai màu khác nhau, đỏ và xanh. Giống TD11 có cấu trúc 03 cặp bầu noãn khác biệt so với 02 cặp của 62 giống còn lại. Phân tích di truyền ghi nhận sự khác biệt trong vùng ITS giữa các giống không lớn, phân chia thành ba nhóm bao gồm nhóm Domestic Trinitario Cultivars (38 giống), Indigenous Cultivars (20 giống), and Peru Cultivars (5 giống). Kết quả là nghiên cứu đầu tiên công bố về đặc tính hình thái thực vật và cây di truyền phả hệ của bộ sưu tập cây ca cao Việt Nam.