Chuyển dịch cơ cấu nông nghiệp đồng bằng sông Cửu Long là một xu hướng tất yếu khi sản xuất nông nghiệp và sinh kế nông hộ đang gặp nhiều khó khăn như ảnh hưởng của biến đổi khí hậu, tốc độ gia tăng sản lượng biên có xu hướng giảm, ô nhiễm môi trường do thời gian dài lạm dụng tài nguyên thiên nhiên và hóa chất nông nghiệp, thị trường đầu vào và đầu ra không ổn định nên tổng thu nhập trên một đơn vị diện tích thấp, sư phân phối giá trị gia tăng không đồng điều giữa các tác nhân…đặc biệt là sự cạnh tranh gay gắt khi hội nhập ngày càng sâu rộng vào nền kinh tế thế giới. Nội dung chính để tái cơ cấu nông nghiệp đồng bằng sông Cửu Long là giảm và thay thế dần diện tích đất sản xuất kém hiệu quả và bị ảnh hưởng bởi xâm nhập mặn sang các loại cây/con có hiệu quả kinh tế cao, giảm dần diện tích đất sản xuất lúa và khuyến khích thành lâp các vùng sản xuất nguyên liệu chất lượng cao theo hướng tập trung. Để thực hiện được chuyển dịch cơ cấu nông nghiệp đồng bằng sông Cửu Long, trước mắt cần tập trung vào các giải pháp sau: (1) Chuyển từ sản phẩm có giá trị thấp và tiềm năng thị trường thấp sang sản phẩm có giá trị cao và tiềm năng thị trường cao; (2) Cải thiện chất lượng, tăng giá trị nông sản; (3) Chuyên nghiệp hóa, mở rộng quy mô sản xuất; (4) Liên kết trong sản xuất, chế biến và tiêu thụ là yêu cầu bức thiết để phát triển bền vững; (5) Phát triển nguồn nhân lực; (6) Nâng cao vai trò của nhà nước và doanh nghiệp trong chuyển dịch cơ cấu nông nghiệp.