Thế mạnh vốn có cũng đồng thời là hạn chế để phát triển hạ tầng và công trình dân dụng đáp ứng phát triển kinh tế - xã hội hiện tại và tương lai. Hệ thống giao thông thủy có vai trò quan trọng để kết nối nội địa cũng như thế giới. Đặc điểm sinh thái tự nhiên gây ra tính phân mảnh trong phát triển công trình, chi phí xây dựng cao và tính thiếu đồng bộ để kết nối giữa các phương thức giao thông và khu dân cư với công trình công cộng. Tác động biến đổi khí hậu, nước biển dâng và thay đổi dòng chảy sông Mekong cũng như định hướng chuyển dịch mô hình kinh tế - xã hội của vùng đặt ra sự quan tâm trong phát huy bản sắc đặc trưng và lợi thế "sông nước" nhưng đồng thời đổi mới về quy hoạch và xây dựng công trình trong tương lai, hòa hợp nhưng thích nghi và chống chịu tốt với thay đổi tự nhiên để đáp ứng mục tiêu phát triển kinh tế - xã hội.