Hệ vi khuẩn đường ruột là một hệ sinh thái phức tạp có liên quan tới nhiều chức năng của cơ thể vật chủ.
Sự ổn định của hệ vi khuẩn đường ruột đóng góp vào sự ổn định về sức khoẻ và sức đề kháng của vật chủ.
Nhiều nghiên cứu đã được xây dựng để tìm hiểu hệ vi khuẩn đường ruột dựa trên các phương pháp nuôi cấy và
điện di biến tính truyền thống nhưng chưa đem lại hiệu quả. Nhằm khắc phục những hạn chế còn tồn tại,
phương pháp giải trình tự thế hệ mới dựa trên vùng gen 16S rRNA (Metabarcoding) đã được phát triển. Từ kết
quả so sánh trình tự gen 16S rRNA của các mẫu ruột tôm thu được tại các đầm nuôi tôm thẻ chân trắng
(Litopenaeus vannamei) và nhóm đối chứng là một mẫu ruột tôm thu tại đầm nuôi tôm sú (Penaeus monodon)
(ST-PM) và một mẫu mô cơ của tôm thẻ chân trắng (Mô cơ) với ngân hàng cơ sở dữ liệu (16S rRNA) Green
genes, thành phần vi khuẩn trong ruột tôm các đầm nuôi tôm thẻ chân trắng đã được làm sáng tỏ. Các ngành
chiếm ưu thế bao gồm Proteobacteria (49,3–57,4%), Firmicutes (15,6–34,4%), Bacteroidetes (0,1–16,9%) trên
tổng số toàn bộ các ngành có trong các mẫu ruột tôm thẻ chân trắng nghiên cứu. Rhizobium (0,4–26,1%),
Vibrio (0–22,3%), Spongiimonas (0–16,7%) là các chi chiếm ưu thế trong ruột tôm thẻ chân trắng. Nghiên cứu
cũng chỉ ra rằng, ở mức độ ngành, Fusobacterium (10%) là ngành được xếp vào nhóm tác nhân gây bệnh đã
được tìm thấy chủ yếu trong mẫu ruột tôm ở đầm nuôi tôm thẻ chân trắng bị bệnh (ST4) so với hai mẫu ruột
tôm thẻ chân trắng trong đầm tôm sinh trưởng kém (ST3) (0%) và đầm tôm thẻ chân trắng sinh trưởng bình
thường (ST1) (0,6%). So sánh thành phần các chi cũng đã chỉ ra rằng chi Vibrio là chi được xếp vào nhóm tác
nhân gây bệnh trên tôm đã được tìm thấy chủ yếu trong mẫu ruột tôm ST4 (22,3%) so với mẫu ruột tôm ST3
(2,4%) và ST1 (3,5%). Ở mức độ loài sự khác biệt đáng kể nhất được chỉ ra là Vibrio rotiferianus, tác nhân gây
bệnh này được tìm thấy nhiều hơn đáng kể trong mẫu ruột tôm ST4 (7,98%) so với mẫu ST3 (1%) và mẫu
ST1 (0%). Giới Fusobacterium và chi Vibrio được gợi ý sẽ là đối tượng quan tâm trong nghiên cứu chi tiết các
tác nhân gây bệnh trên tôm tiếp theo.