Trong thế kỷ XVII và thế kỷ XVIII, quan hệ buôn bán giữa Việt Nam và Nhật Bản có bước phát triển nhất là buôn bán ở Nam Bộ. Những hoạt động thương mại giữa Việt Nam và Nhật Bản trong giai đoạn này thể hiện rõ tính chất kinh tế của hai quốc gia, có sự bổ sung, hỗ trợ cho nhau trong sự phát triển của từng nước. Nghiên cứu về hoạt động thương mại trong giai đoạn này bên cạnh phục dựng tiến trình giao thương giữa hai nước còn góp phần làm sáng tỏ những thuận lợi mà hai nước có được trong quan hệ ngoại giao hiện nay.