Nghiên cứu được thực hiện nhằm xác định tính đa dạng thành phần động vật không xương sống cỡ lớn (ĐVKXSCL) và ứng dụng hệ thống điểm BMWP^VIET-HR để đánh giá chất lượng nước trên tuyến sông Hậu thuộc của thành phố Cần Thơ và tỉnh An Giang. Nghiên cứu được tiến hành gồm 2 đợt thu mẫu (tháng 3 và tháng 6 năm 2019). Tổng cộng có 19 điểm thu mẫu gồm 9 điểm tại thành phố Cần Thơ và 10 điểm ở tỉnh An Giang. Kết quả cho thấy thành phần loài trên tuyến sông Hậu khá đa dạng với 62 loài và 33 họ được ghi nhận. Trong đó, Gastropoda có thành phần loài đa dạng (11 họ, 33%), kế đến là Insecta (10 họ, 30%), các lớp còn lại có số họ thấp hơn là Oligocheata, Polychaeta, Bivalvia và Malacostraca biến động từ 1-5 họ (3-15%). Thành phần loài ĐVKXSCL tại các điểm thu biến động từ 7-20 loài và 6-18 loài lần lượt vào tháng 3 và tháng 6. Chỉ số BMWP^VIET-HR tại các điểm thu mẫu biến động từ 18-51 điểm và 2,6-4,9 điểm đối với chỉ số trung bình bậc họ (ASPT) cho thấy chất lượng nước ở hầu hết các điểm thu mẫu có mức độ ô nhiễm trung bình. Một số điểm thu vào tháng 6/2019 như Thạnh Mỹ, Cái sắn, Bến phà Bò Ót (Cần Thơ), Cồn Khánh Hòa và bến phà Rạch Gọc (An Giang) thì ô nhiễm nặng.