Rễ mè là loại rễ cọc, rễ chính ăn sâu. Đồng thời hệ rễ bên của mè cũng rất phát triển về bề ngang (Hình 3.1). Rễ mè phân bố chủ yếu ở lớp đất từ 0-25 cm. Do có hệ thống rễ phát triển mạnh nên mè có khả năng chịu hạn rất tốt (Dossa et al., 2017). Chiều sâu của rễ cái phụ thuộc nhiều vào ẩm độ đất (Langham, 2008). Trên đất cát, rễ mọc tốt hơn trên đất sét và không chịu ngập trong thời gian ngắn. Ở đất cát, vùng khô hạn, rễ cái có thể ăn sâu từ 1-1,2 m để tìm nguồn nước ngầm. Độ ẩm cao, rễ không ăn sâu được và cây có thể bị chết nếu bị úng trong thời gian ngắn do rễ bị thối.