Sông Mê Kông có vai trò rất lớn đối với Đồng bằng sông Cửu Long (ĐBSCL). Cung cấp nguồn nước ngọt, bồi đắp phù sa, nguồn lợi thủy sản,… Tuy nhiên hiện nay việc khai thác nguồn lợi từ con sông này đã và đang làm ảnh hưởng nghiêm trọng đối với tự nhiên và tài nguyên thiên nhiên ở ĐBSCL, đặc biệt là đang đe dọa nghiêm trọng nguồn tài nguyên nước ở đây. Biến đổi khí hậu toàn cầu và vấn đề khai thác thủy điện ở thượng nguồn,... đã và đang tác động trực tiếp đến tài nguyên nước ở ĐBSCL. Vì vậy, nếu muốn bảo vệ và khai thác hiệu quả nguồn tài nguyên này để phục vụ vào việc phát triển kinh - tế xã hội ở ĐBSCL cần giải quyết tốt hai vấn đề: 1) Giải quyết vấn đề khai thác thủy điện ở thượng nguồn; 2) Ứng phó với biến đổi khí hậu và nước biển dâng.