Nghiên cứu này nhằm đánh giá chất lượng vệ sinh của các nhà máy chế biến cá tra thông qua đánh giá chất lượng vi sinh vật của cá và găng tay công nhân tại công đoạn phi lê. Nghiên cứu thực hiện lấy mẫu tại ba thời điểm và trong ba ngày khác nhau tại mỗi nhà máy và định lượng các chỉ tiêu vi sinh vật: vi sinh vật tổng số hiếu khí, Coliforms, E. coli và Staphylococci dương tính coagulase (hay Staphylococci coa+). Kết quả cho thấy, lượng vi sinh vật tổng số hiếu khí trên cá và găng tay công nhân phi lê ở các nhà máy tương ứng dao động từ 4,9 - 6,9 đơn vị log trên cá tra phi lê và 5,7 - 7,3 đơn vị log trên găng tay công nhân. Mật số Coliforms và E. coli trên cá tra phi lê tại các nhà máy tương ứng dao động từ 3,0 - 5,2 và 1,5 - 2,0 đơn vị log. Mật số Staphylococci coa+ trên cá và găng tay công nhân tương ứng dao động từ 1,5 - 3,9 và 1,6 - 2,7 đơn vị log. Qua các kết quả thu được của nghiên cứu, các nhà máy chế biến cần kiểm soát tốt thao tác chế biến đặc biệt là công đoạn phi lê nhằm hạn chế sự nhiễm chéo trong quá trình chế biến góp phần cải thiện chất lượng sản phẩm.