Trong nghiên cứu này, kỹ thuật giải trình tự thế hệ mới (next generation sequencing) được ứng dụng để giải trình tự của bộ gene 2 giống lúa Đốc Phụng (giống chống chịu mặn) và giống Nếp Mỡ (giống mẫn cảm với mặn), nhằm tìm các chỉ thị phân tử là gene chức năng mà các gene này liên quan đến cơ chế chống chịu mặn có trong giống lúa Đốc Phụng. Kết quả so sánh với bộ gene tham chiếu, bộ gene của giống lúa Đốc Phụng có khoảng 1.918.726 biến thể dạng thay đổi một nucleotide (Single Nucleotide Polymorphism) và và chèn vào khoảng 81.435, mất đi khoảng 81.974. Trong khi đó ở giống Nếp Mỡ, có khoảng 1.931.380 SNP và chèn vào khoảng 88.473, mất đi khoảng 83.190 vùng DNA. Đa số các biến thể xuất hiện ở các vùng không mang chức năng như trước sau và giữa các gene chiếm tỉ lệ trên 75%. Kết quả khảo sát biến thể xuất hiện trong vùng gene OsTZF1 (LOC_Os05g10670.1), có chức năng điều hòa các nhóm gene liên quan đến các yếu tố stress sinh học và phi sinh học, cho thấy ở giống Đốc Phụng có 7 biến thể SNP và có chèn thêm 9 nucleotide mã hóa 3 amino acid arginine khi so với giống Nếp Mỡ dựa trên bộ gene tham chiếu. Thông tin này giúp cho các nhà chọn giống sử dụng nó như chi thị phân tử, chọn tạo giống chống chịu...