Ngày nay nhờ những tiến bộ vượt trội trong kỹ thuật sinh học phân tử đã giúp giải mã thông tin toàn bộ bộ gen thông qua kỹ thuật giải trình tự thế hệ mới, từ những dữ liệu đó giúp cho việc phát triển cây trồng ngày càng nhanh và chính xác hơn. Tuy nhiên việc xác định gen mang chỉ thị chức năng (FM) hiện diện trong bộ gen có liên quan nhiều đến sự biến đổi kiểu hình của cây là một thách thức lớn. Do đó, nhằm tìm ra được gen chức năng cần tiếp cận các bước thông qua phiên mã nhằm tìm ra biến thể của các gen chức năng, tái tổ hợp tương đồng, lập bản đồ liên kết và sử dụng các alleles đa hình để xác định chỉ thị phân tử FM cho mục tiêu chọn tạo giống, chẳng hạn như đặc điểm nông học, kháng stress sinh học và phi sinh học. Một trong những đặc điểm nổi bật của FM so với chỉ thị phân tử khác được sử dụng trong tạo giống cây trồng là sự liên kết gen chặt chẽ với một kiểu hình. Do đó, FM có thể tạo điều kiện thuận lợi cho việc chọn lọc trực tiếp gen liên quan đến đặc điểm kiểu hình, gia tăng hiệu quả chọn lọc trong chọn giống. Trong chương sách này, chúng tôi tóm lược các phương pháp mới nhất trong phát triển chỉ thị phân tử FM và ứng dụng trong phương pháp chọn lọc hỗ trợ đánh dấu (MAS) trong chọn giống, giúp chọn chính xác các giống mang đặc điểm nông học và tính trạng chất lượng cũng như trong chọn các giống cây trồng kháng stress sinh học và phi sinh học.