Trong nghiên cứu này giống Trà Lòng 2 đại diện cho kiểu gen chống chịu và Nếp Mỡ đại diện cho kiểu gen mẫn cảm stress mặn. Thí nghiệm được thực hiện ở giai đoạn 14 ngày sau nảy mầm, cây mạ được xử lý muối NaCl ở nồng độ 100 mM trong 12 giờ, mẫu sau khi xử lý stress mặn được thu thập, ly trích RNA và giải trình tự hệ gen biểu hiện bằng hệ thống Illumina Hiseq 2500. Kết quả phân tích hệ gen biểu hiện chuyên biệt cho giống Trà Lòng 2 (1732 gen) có số lượng gen biểu hiện nhiều hơn giống Nếp Mỡ (432 gen). Trong đó, khi so sánh giữa 2 hệ gen biểu hiện, giống chống chịu mặn thể hiện ở cơ chế giảm khả năng quang hợp (GO: 0015979) và giảm giảm sự tiền tổng hợp các chất sinh hóa hay năng lượng (GO: 0006091). Trong đó sự biểu hiện của gen OsTPP1 cho thấy phản ứng sớm của giống lúa Trà Lòng 2 khi có sự hiện diện của mặn. Kết quả này bước đầu đã chọn ra được các gen liên quan đến phản ứng stress mặn và có thể dùng tiếp cho nghiên cứu chuyên sâu hơn.