Nguy cơ xâm nhập mặn do biến đổi khí hậu ngày càng nghiêm trọng, đe dọa sản xuất lúa ở vùng đồng bằng sông Cửu Long. Nghiên cứu đánh giá tính chống chịu mặn của 16 giống lúa mùa địa phương thu thập từ tỉnh Kiên Giang so sánh với Pokkali và RC222 đã chọn ra được các giống lúa có khả năng chống chịu mặn khác nhau. Các giống lúa này sau đó được phân tích đa hình vùng exon 1 gen OsHKT1;5 bằng kỹ thuật giải trình tự. Kết quả đánh giá kiểu hình đã xác định được 7 giống lúa có tính chống chịu mặn khác nhau gồm: Lúa Chuối, FL478, Pokkali có khả năng chống chịu tốt; Nàng Trích, Trắng Tép, Ba Bụi, Một Bụi có tính chống chịu mặn trung gian ở các mức khác nhau; RC222 mẫn cảm với mặn. Phân tích trình tự vùng exon 1 gen OsHKT1;5 đã xác định được 3 dấu SNP ở các vị trí nucleotide G382A, C418G và G551A. Cả 3 dấu SNP đều là đột biến sai nghĩa làm thay đổi các amino a xít D128N, P140A và R184H. Các SNP G382A và G551A có thể có liên quan đến tính chống chịu mặn của các giống lúa.