Hiện nay, tại ĐBSCL đất phèn nặng tập trung ở Đồng Tháp Mười, Tứ giác Long Xuyên, vùng trũng sông Hậu và bán đảo Cà Mau (Vo Tong Xuan and Matsui, 1998). Bên cạnh những trở ngại trong canh tác do khí hậu bất thường, sự gia tăng phát thải độc chất từ đất phèn sẽ đưa đến sự thay đổi hệ sinh thái đất và giảm đa dạng sinh học trong đất, do đó các loại vi sinh vật có ích sẽ dần dần không tồn tại. Các hệ sinh thái vi sinh vật trong đất phèn vẫn ít được biết đến về mặt chức năng hoặc cấu trúc cộng đồng. Để tăng hiệu quả canh tác trên các vùng đất phèn trồng màu ở ĐBSCL cũng như có được chế phẩm vi sinh tốt, cần phải chọn lọc được các chủng vi sinh vật có sức cạnh tranh lớn, thích ứng rộng, có khả năng cung cấp các dưỡng chất thiết yếu cho cây trồng; đồng thời sinh tổng hợp được các chất tăng trưởng thực vật hoặc ức chế một số vi sinh vật gây bệnh cây. Bên cạnh đó, vi sinh vật được phân lập từ các cây trồng bản địa sẽ đạt được trạng thái sinh trưởng tốt nhất, thân thiện với môi trường và có hiệu quả cao nhất khi được chủng trở lại loại cây trồng và vùng đất đó. Mục tiêu của đề tài: (i) Xác định đặc tính khuẩn lạc trong các môi trường phân lập; (ii) Đánh giá chức năng và khả năng về cố định đạm và hòa tan lân của các dòng vi khuẩn trong đất vùng rễ và trong rễ của cây khoai trên đất phèn ở ĐBSCL; (iii) Định danh loài bằng phương pháp sinh học phân tử đối với các dòng triển vọng.