Đất lúa ngập nước được xem là một hệ sinh thái rất đa dạng vì môi trường đất thay đổi từ háo khí, vi háo khí và yếm khí tùy thuộc vào giai đoạn phát triển của lúa. Hệ sinh thái đất trồng lúa ngập nước có thể được coi là một hệ phức tạp nhất bao gồm: tầng đất mặt có sự hiện diện của oxy, vùng bulk soil là vùng đất yếm khí và đất vùng rễ. Vùng rễ là nơi sinh sống của rất nhiều vi sinh vật đất, chẳng hạn như vi khuẩn, xạ khuẩn và nấm. Các nhóm vi sinh vật này cạnh tranh với nhau về nước, chất dinh dưỡng, chỗ ở và các nhóm vi sinh vật này cũng liên kết với rễ thực vật để gia tăng khả năng tồn tại, cạnh tranh và phát triển. Nhóm vi sinh vật nhân sơ (vi khuẩn) được xem như nhóm vi sinh vật vùng rễ tham gia vào các chu trình sinh địa hóa quan trọng trong hệ sinh thái đất trồng lúa. Các kỹ thuật canh tác khác nhau tác động đến hệ sinh thái đất trồng lúa đều ảnh hưởng đến cộng đồng vi khuẩn, sự đa dạng cũng như các nhóm vi khuẩn chức năng hiện diện trong đất. Nội dung của chương này sẽ trình bày sự hiện diện của vi sinh vật đặc biệt là các nhóm vi sinh vật chức năng trong đất canh tác lúa bị tác động bởi các mô hình canh tác khác nhau.