Mô hình tôm-lúa luân canh đang ngày càng phát triển và mang lại hiệu quả kinh tế cao. Góp phần làm nên thành công của mô hình đó là sự hiện diện của các nhóm vi sinh vật có lợi. Biến động mật độ của các nhóm vi sinh vật này chịu ảnh hưởng bởi giống lúa canh tác. Thí nghiệm được tiến hành qua hai giai đoạn, giai đoạn thứ nhất trồng một vụ lúa với giống lúa thí nghiệm và lúa đối chứng (1 bụi đỏ), giai đoạn thứ hai nuôi tôm sú sau khi vụ lúa kết thúc. Kết quả mật độ vi khuẩn trong nước (vi khuẩn tổng cộng, Bacillus, Nitrosomonas, Nitrobacter) cao nhất vào đợt thu thứ 6 ở ruộng thí nghiệm lần lượt là: 9,5×10⁵CFU/mL; 1,6×10⁵CFU/mL; 1,2×10²MPN/mL; 9,5×10¹MPN/mL; ở ruộng đối chứng lần lượt: 1,6×10⁵CFU/mL; 9,7×10⁴CFU/mL; 9,5×10¹ CFU/mL; 7,5×10¹ CFU/mL. Tương tự, mật độ của vi khuẩn tổng cộng, Bacillus, Nitrosomonas, Nitrobacter trong mẫu bùn cao nhất cũng là đợt thu thứ 6 ở ruộng thí nghiệm là 1,3×10⁶ CFU/g; 3,2×10⁵ CFU/g; 2,1×10³MPN/g; 1,2×10³ MPN/g và ở ruộng đối chứng lần lượt: 7,5×10⁵ CFU/g; 1,47×10⁵ CFU/g; 9,5×10²MPN/g; 7,5×10²MPN/g. Kết quả này cho thấy mật độ vi khuẩn ở giống lúa lai cao hơn ở giống lúa đối chứng. Mật độ tăng dần từ đầu vụ lúa đến cuối vụ tôm, và mật độ trong bùn luôn cao hơn trong nước.