Nghiên cứu được thực hiện nhằm đánh giá hiệu quả xử lý vi sinh vật của mẻ ủ yếm khí nạp nguyên liệu phối trộn. Thí nghiệm sử dụng các bình ủ thủy tinh 5 L liên kết với túi nhôm chứa khí, gồm 5 nghiệm thức (NT) bố trí hoàn toàn ngẫu nhiên trong đó NT 1 và NT 2 nạp hỗn hợp 50% phân heo (PH) và 50% lục bình (LB) với LB kích cỡ 1 cm và 10 cm; NT 3 và NT 4 là hai nghiệm thức phối trộn 50% PH và 50% rơm (RO) với RO được cắt nhỏ 1 cm và 10 cm; NT 5 là nghiệm thức đối chứng nạp 100% PH, thời gian ủ 45 ngày. Kết quả thí nghiệm cho thấy số lượng trứng giun sán và vi khuẩn gây bệnh giảm đáng kể qua 45 ngày ủ. Hiệu suất loại bỏ trứng giun đũa trên 98%, trứng giun móc và trứng giun tóc đạt 100% ở cả 5 nghiệm thức. Hiệu suất xử lý tổng Coliform dao động từ 99,78 - 99,98%. E. coli có hiệu suất xử lý dao động từ 99,78 - 99,99%. Hiệu suất loại bỏ Enterococcus khá cao dao động từ 95,17 - 99,97%. Salmonella bị loại bỏ thấp chỉ từ 76 - 97,8%. Mặc dù hiệu suất xử lý của mẻ ủ khá cao nhưng mầm bệnh trong nước thải đầu ra vẫn cao gấp nhiều lần so với yêu cầu xả thải của nước thải công nghiệp QCVN 40:2011/BTNMT, yêu cầu về nước cho trại chăn nuôi heo QCVN 01-14/BNNPTNN và yêu cầu xử lý nước thải cho canh tác nông nghiệp WHO (2006). Do đó cần nghiên cứu thêm công nghệ xử lý nước thải đầu ra của hầm ủ biogas đạt yêu cầu xả thải.