Docking phân tử đóng một vai trò quan trọng trong việc phát triển thuốc bằng cách dự đoán các cấu hình và ái lực liên kết của các phân tử với protein/thụ thể mục tiêu. Bài báo này cung cấp hướng dẫn chi tiết về cách thực hiện docking phân tử bằng công cụ PyRx - một phần mềm nguồn mã mở có giao diện thân thiện với người dùng, tương thích với nhiều hệ điều hành khác nhau. Đây là tài liệu bằng tiếng Việt đầu tiên hướng dẫn sử dụng công cụ PyRx, hướng dẫn quy trình từng bước chuẩn bị, tiến hành mô phỏng lắp ghép và phân tích kết quả. Sau đó, phương pháp này được áp dụng để dự đoán cấu hình tương tác của các hợp chất chalcone-amide chống lại PLpro SARS-CoV-2. Kết quả thu được cho thấy mối tương quan cao, giá trị RMSD luôn dưới 1,5 Å, điều này thể hiện sự tương đồng cấu trúc so với dữ liệu tinh thể học đã được công bố. Bài báo này nêu bật độ tin cậy của phương pháp docking phân tử dựa trên công cụ PyRx và tính hiệu quả trong nghiên cứu sàng lọc ảo và khám phá thuốc. Điều này đặc biệt hữu ích trong việc xác định các tác nhân trị liệu chống lại các mối đe dọa bởi các virus mới nổi và cho thấy tiềm năng thúc đẩy nghiên cứu về các tác nhân chống virus mới trong tương lai.