Trong những năm gần đây, nguồn lợi cá chốt tự nhiên đang có xu hướng suy giảm do khai thác quá mức và ô nhiễm môi trường nước. Sự suy giảm quần thể có thể ảnh hưởng đến đa dạng di truyền của loài. Nghiên cứu này được thực hiện nhằm đánh giá mức độ đa dạng di truyền của các giống cá chốt bằng cách sử dụng dấu phân tử ISSR (Inter-simple sequence repeat). Tổng cộng có 30 mẫu cá chốt được sử dụng trong nghiên cứu, thu tại 3 tỉnh (An Giang, Cần Thơ và Tây Ninh). Trong số 14 mồi ISSR được đánh giá, 6 mồi được chọn để khuếch đại đa hình các đoạn DNA. Các mồi này cho kết quả tổng cộng 104 băng với kích thước từ 105 bp đến 1750 bp, hệ số PIC từ 0,26 đến 0,57. Kết quả phân tích sơ đồ phân nhóm dựa vào phương pháp UPGMA cho thấy các mẫu cá chốt có hệ số tương đồng khá cao từ 70% đến 94%.