Việt Nam sở hữu một hệ thống y học cổ truyền từ lâu đời với các loại cây thuốc và thảo dược đa dạng đã đóng góp lớn vào công tác phòng và chữa bệnh tại địa phương. Tuy nhiên, việc nhận biết chính xác cây thuốc đòi hỏi nhiều kiến thức và kinh nghiệm của người dùng. Do đó, nhu cầu tự động nhận dạng hình ảnh cây thuốc bằng ứng dụng di động là hữu ích với nền y học. Tập dữ liệu hình ảnh 41 loại cây thuốc và dược liệu được sử dụng trong nghiên cứu, tổng hợp từ nhiều nguồn, sau đó được huấn luyện qua các mô hình CNN. Kết quả cho thấy mô hình EfficientB0 với phương pháp tăng cường dữ liệu và học chuyển giao phù hợp để triển khai trên thiết bị di động với tỷ lệ nhận dạng chính xác đạt ~94% cao hơn mô hình MobileNetV2 đạt ~90%. Ứng dụng di động nhận dạng cây thuốc là công cụ hỗ trợ các đối tượng hoạt động trong các lĩnh vực y học cổ truyền, nông nghiệp và giáo dục.