Nghiên cứu nhằm xác định mối liên hệ giữa Protozoa với các thông số môi trường nước trong các ao nuôi tôm thẻ chân trắng thâm canh. Các mẫu Protozoa được thu ở 5 ao tôm và 2 kênh cấp tại tỉnh Sóc Trăng. Các ao tôm được chia thành 2 nhóm gồm nhóm N1 (3 ao) và nhóm N2 (2 ao). Tất cả các ao tôm đều có qui trình nuôi tương tự nhau. Tuy nhiên, chỉ có nhóm N2 có sử dụng ao lắng trong quá trình nuôi. Kết quả đã ghi nhận 20 loài Protozoa (36%). Số loài Protozoa trong các ao tôm và kênh cấp không khác biệt đáng kể. Mật độ Protozoa trong các ao tôm cao hơn kênh cấp, biến động lần lượt từ 34.089-31.155.511 ct/m³ đến 60.507-3.037.222 ct/m³. Giống Tintinnopsis chiếm ưu thế ở nhóm N2, trong khi một số loài thuộc Ciliate chiếm tỉ lệ cao ở nhóm N1 giai đoạn 28-42 ngày. pH và độ mặn tương quan nghịch có ý nghĩa (p<0,01) với thành phần loài Protozoa. Ngược lại, PO₄^3- tương quan thuận có ý nghĩa (p<0,05) với thành phần loài Protozoa. Mật độ Protozoa bị ảnh hưởng bởi hàm lượng NO₃^- và chlorophyll-a.