Bối cảnh đất nước trong giai đoạn toàn cầu hóa và hội nhập quốc tế sâu rộng, ảnh hưởng của cuộc cách mạng công nghiệp 4.0 đã có tác động lớn đến các mặt của giáo dục, đòi hỏi các cơ sở giáo dục đại học sớm nghiên cứu, chuẩn bị điều kiện và đẩy mạnh thực hiện quyền tự chủ nhằm đáp ứng các yêu cầu thiết đang đặt ra. Tự chủ không chỉ là mong muốn của các cơ sở giáo dục đại học mà còn là chủ trương, chính sách mong muốn và yêu cầu của Đảng, Nhà nước, Chính phủ. Nghị quyết số 19-NQ/TW ban hành ngày 25/10/2017 của Ban Chấp hành Trung ương Đảng Khóa XII đã nêu rõ các định hướng về phát triển và đẩy mạnh tự chủ đại học, đặt biệt là trong vấn đề tự chủ tài chính: “Đẩy mạnh việc chuyển đổi các đơn vị sự nghiệp công lập sang mô hình tự chủ hoàn toàn cả về chi đầu tư, chi thường xuyên, thực hiện quản lý, kế toán theo mô hình doanh nghiệp”. Hoặc “Đẩy mạnh việc thực hiện cơ chế tự chủ, xã hội hóa, trước hết là các cơ sở giáo dục đại học, giáo dục nghề nghiệp”. Và Luật Giáo dục Đại học sửa đổi, bổ sung được Quốc hội khóa XIV ban hành ngày 19/11/2018, có hiệu lực thực hiện từ ngày 01/7/2019 đã buộc các CSGDĐH phải có lộ trình phù hợp để từng bước thực hiện tự chủ đại học.

Trong xu thế đó, Trường Đại học cần Thơ đã và đang nỗ lực nghiên cứu, tìm hướng đổi mới hoạt động quản trị đại học theo cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm phát triển nhà trường theo định hướng: Nghiên cứu; đảm bảo và nâng cao chất lượng đào tạo; phát triển và mở rộng nghiên cứu khoa học; phát triển cơ sở vật chất đồng bộ theo hướng hiện đại; đảm bảo và phát triển nguồn thu, phát triển nguồn nhân lục có trình độ chuyên môn, nghiệp vụ đáp ứng yêu cầu; đảm bảo nguồn thu phù hợp cho sự phát triển bền vững của nhà trường; nâng cao vụ thế và uy tín của trường ở Việt Nam và quốc tế.