Trong quá trình chế biến cá Tra phi lê đông lạnh, mật số vi sinh vật phụ thuộc vào  nguồn nguyên liệu và điều kiện chế biến và do đó có ảnh hưởng đáng kể đến chất lượng của thành phẩm. Chỉnh hình được xem là công đoạn có nguy cơ cao lây nhiễm trong quy trình chế biến. Nghiên cứu này được thực hiện nhằm đánh giá và so sánh mật số vi sinh vật tại công đoạn chỉnh hình ở bốn nhà máy chế biến cá Tra phi lê đông lạnh thuộc khu vực Đồng bằng sông Cửu Long. Mẫu cá chỉnh hình và môi trường chế biến (các bề mặt tiếp xúc như găng tay công nhân và dụng cụ chế biến) được đánh giá các chỉ tiêu vi sinh vật bao gồm: vi sinh vật tổng số hiếu khí, Coliforms, E. coli và Staphylococci dương tính coagulase (Staphylococci coa+). Kết quả cho thấy mật số vi sinh vật tổng số hiếu khí trên cá chỉnh hình ở bốn nhà máy A, B, C và D lần lượt là 7,1 ± 0,4; 7,5 ± 0,7; 6,7 ± 1,1 và 6,0 ± 0,4 log CFU/g. Mật số Coliforms, E. coli và Staphylococci coa+ trên cá chỉnh hình tại các nhà máy tương ứng dao động từ 4,0 - 5,1; 2,1 - 3,7 và 1,8 - 4,2 log CFU/g. Nghiên cứu thấy rằng cần có phương pháp bảo quản phù hợp cá bán thành phẩm trong suốt quá trình chế biến. Thực hành vệ sinh và sản xuất tốt cần được thực hiện hiệu quả để giảm thiểu nguy cơ nhiễm chéo cho cá bán thành phẩm.