Hội chứng rối loạn hô hấp và sinh sản ở heo (Porcine reproductive and respiratory syndrome-PRRS) là một trong những bệnh gây thiệt hại kinh tế lớn cho ngành chăn nuôi heo trên toàn thế giới. Vùng gen kích thước 1.280 bp gen mã hoá protein không cấu trúc 2 (Non structural Protein 2-NSP2) của 6 chủng PRRSV phân lập tại Việt Nam được phân tích và so sánh trình tự gen với các chủng vaccines và các chủng đã có thông tin trên ngân hàng gen. Các chủng phân lập có mức độ tương đồng nucleotide (nt) và amino acid (aa) cao so với chủng BH58/10 phân lập tại Lào (nt 94,4- 98,9%, aa 95,7-97,8%), chủng độc lực cao phân lập Trung Quốc năm 2006 JXA1 (nt 95,1-96,6, aa 93,8-96,0) và chủng virus vaccine chủng độc lực cao Trung Quốc JXA1-R (nt 95,9-97,7%, aa 94,1-96,7%). Tuy nhiên, mức độ tương đồng thấp hơn khi so sánh với trình tự nt/aa của chủng nguyên thuỷ VR2332 (nt 72,8-73,9%, aa 64,6-66,4%) và chủng vaccine Ingelvac MLV (nt 73,2-74,3%, aa 65,5-67,3%). Cả 6 chủng phân lập tại Việt Nam đều xuất hiện hiện tượng xoá 1 và 29 aa ở vị trí tương ứng là 199 và (251- 279), giống với chủng 07QN phân lập trong đại dịch PRRS tại Việt Nam năm 2007 và chủng độc lực cao Trung Quốc JXA1. Sự thay thế amino acid ở vị trí 300 (E«K) được tìm thấy ở cả 6 chủng phân lập và chủng BH58/10. Kết quả phân tích trình tự gen cho thấy các chủng PRRSV trong nghiên cứu này thuộc kiểu gen Bắc Mỹ. Cây phân loại di truyền cho thấy các chủng này cùng nhóm với chủng độc lực cao Trung Quốc JXA1 và chủng BH58/10 phân lập tại Lào và khác nhóm với chủng nguyên thuỷ VR-2332, chủng virus vaccine hiện tại đang được sử dụng tại Việt Nam Ingelvac PRRS^®-MLV. Nghiên cứu này bộc lộ biến đổi tương đối trong trình tự nt/aa gen NSP2, cung cấp thông tin cho việc đánh giá biến đổi di truyền và giám sát chủng PRRSV độc lực cao tại Việt Nam.