Hai mươi tám dòng vi khuẩn đã được phân lập từ các mẫu rễ, thân mía thu được tại các tỉnh Bến Tre và Long An. Hầu hết các dòng vi khuẩn đều có hình dạng que ngắn và có khả năng chuyển động. Khuẩn lạc có dạng hình tròn, màu vàng, bìa khuẩn lạc nguyên đều, khuẩn lạc độ nổi mô cao, kích thước kích thước từ 1-3,4 mm. Bằng phép thử sinh hóa đã xác định được 15/28 dòng vi khuẩn có mang các đặc tính tốt (cố định đạm, hoà tan lân và tổng hợp IAA). Tuy nhiên, chỉ nhận diện được mười dòng vi khuẩn nội sinh bằng kỹ thuật PCR đoạn 16S rARN, những dòng vi khuẩn nội sinh này được chọn để giải trình tự và được so sánh với dữ liệu ngân hàng gien của NCBI bằng phần mềm BLAST N. Kết quả cho thấy trong tất cả 10 dòng phân lập được có tỉ lệ tương đồng 98-100% với các loài thuộc chi Bacillus. Phân tích cây di truyền dựa trên trình tự đoạn 16S rARN bằng phương pháp Neighbor-joining bởi phần mềm MEGA 5.1 cho thấy mối quan hệ di truyền gần gũi giữa các dòng MC9 và dòng MC10; giữa dòng HL6A và dòng BL3. Bốn dòng vi khuẩn nội sinh Bacillus subtilis BL3, Bacillus tequilensis MC9, Bacillus cereus MC10, Bacillus amyloliquefaciens HL6A có đặc tính tốt, sẽ được sử dụng để sản xuất phân sinh học.