ABSTRACT

Biofilm has recently been proposed as the dominant lifestyle of bacteria in nature (Makin & Beveridge, 1996). Despite important contributions to modern life, this mode of living has gained more attention only recently. In this study, we employed the Differential Fluorescence Induction (DFI) strategy, utilizing a FACS screening to isolate biofilm inducible promoters in Salmonella Typhimurium biofilms as the first time. The strategy was designed with alternative positive/negative sorting rounds to get rid of constitutive promoters as well as to enrich for biofilm induced promoters. The screening was performed using a S. Typhimurium SL1344 promoter-probe library which contained around 20500 clones. The strategy was proven to be fit to the idea aiming and showed to be a promising technique used in analysis the genetics of biofilm communities.

Keywords: Salmonella Typhimurium, biofilm, Differential Fluorescence Induction (DFI), promoter probe library

Title: Genome-wide analysis of genes involved in Salmonella Typhimurium biofilm formation by the Differential Fluorescence Induction (DFI) technique

TóM TắT

Biofilm (màng sinh học) gần đây được phát hiện là dạng tồn tại phổ biến của vi khuẩn trong môi trường (Makin & Beveridge, 1996). Tuy có vai trò quan trọng trong đời sống của vi khuẩn cũng như ảnh hưởng của nó lên hoạt động của con người, hiện tượng này chỉ nhận được nhiều sự chú ý của các nhà khoa học gần đây. Trong đề tài này, lần đầu tiên chúng tôi sử dụng kỹ thuật phân biệt cảm ứng huỳnh quang ứng dụng máy FACS để sàng lọc các promoter được hoạt hóa trong quá trình tạo lập biofilm của S. Typhimurium. Quá trình sàng lọc được thực hiện trên thư viện các promoter (promoter-probe library) của S. Typhimurium dòng SL1344 chứa khoảng 20500 dòng. Qui trình sàng lọc được thiết kế với những lần chọn lọc dương tính và âm tính xen kẽ nhau để loại bỏ những promoter cơ định và làm giàu các promoter chỉ được hoạt hóa trong quá trình thành lập biofilm.

Từ khóa: Salmonella Typhimurium, biofilm, cảm biến huỳnh quang, thư viện promoter