ABSTRACT

RG457 marker (STS marker) was indicated to be the closest linkage to Bph10 gene on the chromosome 12 of rice cultivars with distance with 1.7 cM. To screen rice cultivars with brown plant hopper resistant gene, 169 of the rice cultivars were used to isolating DNA and DNA samples were amplified with RG457FL/RL primer pairs. The size of PCR products from 750 bp to 800 bp were digested by HinfI enzyme. Restriction site for HinfI depends on the rice cultivars which are heterozygotes or homozygotes. Fragments were resolved on agarose gels. The band pattern was classified into three groups such as: the heterozygotes with the size of about 200, 250, 350, and 600 bp fragments; the resistant homozygotes with the size of about 200, 250 and 350 bp fragments, and the infected homozygotes with the size of about 600 and 200 bp fragments. In addition, single nucleotide polymorphism also used to identify the variation among rice cultivars at nucleotide level. There was polymorphism of Bph10 gene among twenty-nine rice cultivars containing gene for the resistance to brown planthopper biotypes 2 and 3.

Keywords: RG457 marker, Bph10 gene, PCR, Screen, Brown Planthopper

Title: Screening brown planthopper resistant genes of rice cultivars based on DNA molecular markers

TóM TắT

Dấu phân tử RG457 (STS) được xác định là liên kết gần nhất với gen Bph10 trên NST số 12 của lúa với khoảng cách 1,7cM. Để thanh lọc các giống lúa mang gen kháng rầy nâu (thuộc loại hình sinh học 2 và 3), 169 giống lúa được sử dụng để ly trích DNA và các mẫu DNA được khuếch đại với cặp mồi RG457FL/RL. Sản phẩm PCR thu được có kích thước khoảng 750bp-800bp, chúng được cắt bằng enzyme cắt giới hạn HinfI với trình tự cắt là G/ANTC. Vị trí cắt của enzyme HinfI khác nhau tùy vào giống mang kiểu gen dị hợp hoặc đồng hợp tử. Trong đó, giống mang kiểu gen dị hợp tử gồm các băng với kích thước khoảng 200, 250, 350 và 600bp; giống mang kiểu gen đồng hợp kháng rầy nâu gồm các băng với kích thước khoảng 200, 250 và 350 bp; giống mang kiểu gen đồng hợp nhiễm rầy nâu gồm các băng với kích thước khoảng 600 và 200 bp. Ngoài ra, tính đa hình nucoletide đơn (SNP) cũng được dùng để xác định mức độ biến dị nucleotide giữa các giống. Sự đa hình của gen Bph10 được xác định ở 29 giống lúa thể hiện tính kháng rầy nâu loại hình 2 và 3.

Từ khóa: Dấu RG457, gen Bph10, phản ứng chuỗi, thanh lọc, rầy nâu