ABSTRACT

Wedelia trilobata (L.) Hitche. is classified in family Asteraceae which has been planted in parks or medical herbage. Thirty seven bacterial isolates were isolated from roots and stems of the 44 Wedelia trilobata samples taken in 9 provinces of the Mekong Delta. Twenty seven isolates were identified as endophytes by PCR-16s-rDNA technique. Four of twenty seven isolates (Fa2, Rh, rd1, Il) were chosen to sequence, DNA sequencing was compared with Genbeank database of NCBI by BLAST N software. The result showed that Fa2 isolate was similarity of 98% with EF528269.1 Bacillus megaterium CICCHLJ Q37; Rh isolate was a 99% similarity with EU081514.1 Bacillus lichenmiformis strain CMG M9, GU945225.1 Bacillus lichenformis strain B28, GU945226.1 Bacillus licheniformis strain W16; rd1 isolate was similartty of 99% with GQ375226.1 Bacillus subtilis subsp. subtilis strain CICC 10020, HQ283404.1 Bacillus amyloliquefaciens strain IPPBC_10A, HQ202724.1 Bacillus amyloliquefaciens strain LSSE-62, HQ286641.1 Bacillus subtilis Anctcri3, HQ286641.1  Bacillus subtilis Anctcri3 and Il isolate was 99% identity with DQ314740.1 Acinetobacter antiviralis KNF2022.

Keywords: endophyte, PCR technique, sequence, the MekongDelta, Wedelia trilobata

Title: Isolation and identification of endophytic bacteria from Wedelia trilobata (L.) Hitche

TóM TắT

Cúc Xuyên Chi (Wedelia trilobata (L.) Hitche.) thuộc họ Cúc, mọc hoang hay được trồng làm thảm thực vật đôi khi được sử dụng như một vị thuốcNam. Từ 44 mẫu rễ và thân cây Cúc Xuyên Chi thu ở các tỉnh An Giang, Đồng Tháp, Vĩnh Long, Bến Tre, Bạc Liêu, Hậu Giang, Sóc Trăng, Kiên Giang và thành phố Cần Thơ phân lập được 37 dòng vi khuẩn, 14 dòng được phân lập trên môi trường Nfb, 12 dòng được phân lập trên môi trường RMR và 11 dòng được phân lập trên môi trường LGI. Hai mươi bảy dòng vi khuẩn đã được xác định là vi khuẩn nội sinh bằng kỹ thuật PCR 16S-rDNA. Bốn dòng Fa2, Rh, rd1 và Il được lựa chọn giải trình tự đoạn 16s-rDNA. Kết quả cho thấy dòng Fa2 có tỉ lệ tương đồng với EF528269.1 Bacillus megaterium dòng CICCHLJ Q3 là 98%, dòng Rh có tỉ lệ tương đồng với EU081514.1 Bacillus lichenmiformis dòng CMG M9, GU945225.1 Bacillus lichenformis dòng B28, GU945226.1 Bacillus licheniformis dòng W16 là 99%, dòng rd1 có tỉ lệ tương đồng 99% với GQ375226.1 Bacillus subtilis subsp. subtilis dòng CICC 10020, HQ283404.1 Bacillus amyloliquefaciens dòng IPPBC_10A, HQ202724.1 Bacillus amyloliquefaciens dòng LSSE-62, HQ286641.1  Bacillus subtilis  Anctcri3 và dòng Il có tỉ lệ tương đồng 99% với DQ314740.1 Acinetobacter antiviralis dòng KNF2022.

Từ khóa: Cúc Xuyên Chi, Đồng bằng Sông Cửu Long, giải trình tự, PCR, vi khuẩn nội sinh