Mục tiêu của nghiên cứu này nhằm khảo sát hàm lượng polyphenol tổng số (bằng phương pháp Folin-Ciocalteu), hàm lượng flavonoid (bằng phương pháp so màu AlCl3) và hàm lượng anthocyanin bằng sử dụng Cyanidin 3-glucosidase của 12 mẫu gạo nếp lứt màu. Bên cạnh đó, nhận diện gen quy định màu sắc hạt gạo bằng chỉ thị phân tử CAPS-Ra và Indel cũng được thực hiện. Kết quả cho thấy giống có vỏ lụa màu tím có hàm lượng anthocyanin, polyphenol và flavonoid tổng số cao hơn ở các giống có vỏ lụa có màu đỏ và trắng. Đặc biệt giống nếp cẩm có hàm lượng cao nhất ở tất cả 3 hợp chất với anthocyanin là 384,9 ± 3,73 mg-Cy 3-glc/g, polyphenol tổng số 260,6 ± 3,57 mg GAE/100 g và flavonoid tổng số 998,6 ± 5,9 mg GAE/100 g. Kết quả ứng dụng chỉ thị CAPS-Ra có thể phân biệt được giống có vỏ lụa màu tím/đen với màu đỏ. Thêm vào đó chỉ thị Indel cho phép nhận diện và phân biệt nhóm vỏ lụa đỏ (142 bp) và đen/trắng (156 bp). Kết quả nghiên cứu này sẽ tiền đề cho công tác chọn tạo giống nếp màu có chứa các hợp chất tự nhiên tốt cho sức khoẻ bằng cách tích hợp các chỉ thị phân tử và các phương pháp sinh lý-hoá với chọn giống truyền thống.