ABSTRACT

White spot syndrome virus (WSSV), member of a new virus family called Nimaviridae, is an important viral pathogen responsible for severe economic loss to shrimp farmers. Techniques for the detection of WSSV by polymerase chain reaction are well established and useful. In this study, the nested-PCR protocol presents a sensitive and specific protocol for the detection of WSSV and decapod genes serving as internal control for the test. This combination is one of the specific objectives of the research. Primers named P1, P2, P3 and P4 (Kimura et al., 1996) and primer pairs named Deca-20a2 and Deca-20s9 (CSIRO, 2008) were employed for the nested-PCR. This protocol can be used to detect low levels of WSSV in different hosts: (i) Carriers and low viral load samples such as wild crabs, post-larvae may also be tested for WSSV by this method; (ii) this protocol may also be useful in confirming early stages of WSSV infection when the viral load is relatively low, such as in a very light infection before the onset of disease. In term of high specificity, the two-step PCR protocols were determined to have sensitivities less than 10pg of DNA template.  

Keywords: white spot syndrome virus, internal control, nested-PCR

Title: A polymerase chain reaction protocol for the detection of white spot syndrome virus (WSSV) and decapod genes serving as internal control in various infected hosts

TóM TắT

Virút gây bệnh đốm trắng (WSSV), thuộc họ virus mới có tên gọi Nimaviridae, là một trong những nhóm tác nhân virus gây tổn thất nghiêm trọng cho người nuôi tôm. Để phát hiện WSSV, kỹ thuật PCR đã được thiết lập và cho thấy khả năng ứng dụng rất tốt. Trong nghiên cứu này, qui trình nested-PCR được thiết lập có tính nhạy và tính đặc hiệu cao, cho phép phát hiện WSSV và đoạn gen của giáp xác mười chân được sử dụng như là nội chuẩn của phản ứng. Sự kết hợp này là một trong những mục tiêu hàng đầu của nghiên cứu. Mồi P1, P2, P3 và P4 (Kimura et al., 1996) và mồi Deca-20a2 và Deca-20s9 (CSIRO, 2008) được sử dụng cho phản ứng PCR hai bước. Qui trình có thể ứng dụng để phát hiện WSSV cường độ rất thấp trên nhiều loại mẫu khác nhau: (i) Vật chủ trung gian, các mẫu cường độ nhiễm thấp như cua tự nhiên, hậu ấu trùng tôm cũng được phát hiện bằng phương pháp này; (ii) phương pháp cũng cho thấy khả năng ứng dụng trong trường hợp phát hiện WSSV ở giai đoạn sớm hay giai đoạn nhiễm cường độ rất nhẹ trước khi xảy ra dịch bệnh. Xét về độ nhạy của qui trình, thử nghiệm cho kết quả có thể phát hiện WSSV trong các mẫu thử có hàm lượng ADN thấp hơn 10pg.

Từ khóa: Virút gây bệnh đốm trắng, nội chuẩn, PCR hai bước