ABstract

Protocol for DNA extraction from blood of stripped catfish and PCR protocols for detection of Edwardsiella ictaluri, Aeromonas hydrophila and Flavobacterium columnare bacteria were optimized and applied. The optimized PCR protocol for detection of          E. ictaluri bacteria gave a PCR product of 407 bp and detection sensitivity was  4.5x10⁴ CFU/ml of bacteria in 100 ml catfish blood. The optimized PCR protocol for detection of A. hydrophila bacteria gave a PCR product of 209 bp and detection sensitivity was  4.5x16⁶ CFU/ml of bacteria in 100 ml catfish blood. The optimized PCR protocol for detection of F. columnare bacteria gave a PCR product of 504 bp and detection sensitivity was  4.5x16³ CFU/ml of bacteria in 100 ml catfish blood. These PCR protocols were used to detect respective bacteria in blood samples of experimental injection catfish. The obtained results showed that optimized PCR protocols can be used as a non destructive methods for rapid, sensitive and specific detection of bacterial infection        in catfish.

Keywords: Edwardsiella ictaluri, Aeromonas hydrophila, Flavobacterium columnare, PCR. Fish blood

Title: Optimization of PCR protocols for detection of Edwardsiella ictaluri, Aeromonas hydrophila and Flavobacterium columnare bacteria from stripped catfish blood

TóM TắT

Qui trình chiết tách DNA từ máu cá tra và các qui trình PCR phát hiện các loài vi khuẩn Edwardsiella ictaluri, Aeromonas hydrophila và Flavobacterium columnare được chuẩn hóa và ứng dụng. Qui trình PCR phát hiện E. ictaluri cho sản phẩm PCR đặc hiệu là 407 bp với độ nhạy phát hiện là 4.5x10⁴ CFU/ml vi khuẩn trong 100 ml máu cá. Qui trình PCR phát hiện A. hydrophila cho sản phẩm PCR đặc hiệu là 209 bp với độ nhạy phát hiện là 4.5x10⁶ CFU/ml vi khuẩn trong 100 ml máu cá. Qui trình PCR phát hiện F. columnare cho sản phẩm PCR đặc hiệu là 504 bp với độ nhạy phát hiện là 4.5x10³ CFU/ml vi khuẩn trong 100 ml máu cá. Các qui trình trên được sử dụng để phát hiện các vi khuẩn tương ứng trong mẫu máu cá cảm nhiễm vi khuẩn. Kết quả cho thấy các qui trình có thề phát hiện nhanh, nhạy và đặc hiệu mẫu máu cá tra nhiễm khuẩn nhưng vẫn giữ sống mẫu xét nghiệm.

Từ khoá: Edwardsiella ictaluri, Aeromonas hydrophila, Flavobacterium columnare, Pangasianodon hypophthalmus, PCR, máu cá